Debrecen komoly hagyományokkal bír a botanika és a természettudományos oktatás terén, Méliusz Juhász Péter itt írta meg az első magyar botanikai könyvet. Méltó követője volt Diószegi Sámuel és Fazekas Mihály, nevükhöz fűződik a Magyar Füvészkönyv, munkásságuk eredményeként került létrehozásra a ma már majd’ 200 éves múltra visszatekintő Füvészkert.

A jelenlegi kert elődje a Déri Múzeum helyén - korabeli nevén Pap taván – létesített kert volt, melynek területét 1807-ben jelölte ki Debrecen város akkori tanácsa. Közben megalakult a Kollégiumban a tudományegyetem, mely épületének elkészültével a Nagyerdőbe költözött, így a Kollégium füvészkertje elveszti jelentőségét, majd a Déri Múzeum felépültével meg is szűnt.

Miután a tudományegyetem kivált a Kollégiumból, a botanikus kert céljára Debrecen város az egyetem mögötti 13,7 hektár (30 katasztrális hold) területet adományozott a Nagyerdő területén. 1928-ban alapították meg az új füvészkertet. A kert céljául tudományos és esztétikai feladatokat tűztek ki. A következő években rendszerezték a növényeket, kialakítottak a bemutató területeket és utakat. 1935-ben elkészült a sziklakert, majd a vízvezeték hálózatok, melyek nyomán gyorsan nőtt a bemutatható növényfajok száma. A növényföldrajzi csoportok telepítése (tó, mocsár, szikes, homokbucka) is megkezdődött, felépült az első üvegház, a teleltető, és a betonozott fenekű tó is. A növényeket Magyarország tájegységeiről telepítették be.